dnaman软件

dnaman是一款集合了多种功能的专业分子生物学应用软件。dnaman能够帮助用户实现几乎所有对核酸和蛋白质序列进行的日常分析工作，可用于多重序列对齐、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析等多种分析，是分子生物学研究人员必备软件。

dnaman软件功能介绍：

1、综合系统

2、Windows，OSX和Linux上的DNAMAN Desktop

3、序列操作

1.序列输入

DNAMAN序列是用关键字格式化的纯文本文件。该程序接受其他常见的序列格式，如GenBank，GCG，CUSTAL，FASTA，PIR和GDE。DNAMAN利用序列通道将活性序列保留在存储器中以进行快速计算。数据库也可用于帮助组织特定研究项目的序列。所有三个序列输入接口都可以在DNAMAN Desktop上访问。

2.序列组成和转换

DNAMAN使用简单的下拉菜单命令报告序列组成和分子量。它可以将序列转换为其反向，互补，反向互补，双链和RNA序列。

4、序列搜索

DNAMAN提供了序列搜索和比较的工具，包括核苷酸或氨基酸序列，共有序列，开放阅读框，重复序列。小干扰RNA(siRNA)选择工具可用于改善siRNA设计的质量。用户可以在DNAMAN程序中对NCBI数据库或其他基于Web的序列服务器执行BLAST搜索。

5、限制分析

DNAMAN为DNA序列的限制性分析提供直观的界面。结果可以显示为文本，限制图和限制图(琼脂糖凝胶)。其他工具包括电子克隆，从片段重建限制图，无声突变和定向不匹配。

6、顺序组装

DNAMAN使用快速准确的比对算法来组装大量序列。跟踪文件可以直接用于汇编。可以通过组装的序列集验证SNP。

同源性比较

1.点阵图

可以使用dotplot在DNAMAN中分析大序列的同源区域。感兴趣的序列区域可以放大并直接对齐。

2.两个序列比对

DNAMAN提供许多快速或最佳算法来比对两个DNA或蛋白质序列。

7、多序列比对

DNAMAN使用ClustalW算法(Feng-Doolittle和Thompson)进行最佳对齐，使用全局对齐算法(Wilbur和Lipman)进行快速对齐。DNAMAN中的三种最佳比对提供了高质量的比对结果。使用快速比对方法，您可以快速比对大量的DNA或蛋白质序列。可以在多对齐序列编辑器中进一步修改或调整对齐。

8、系统发育分析

DNAMAN使用常用算法计算同源矩阵并建立所有序列对之间的相关距离。它可以产生距离矩阵，并从多个比对中绘制系统发育树或同源树。引导分析可用于系统发生树的置信度值。

9、引物/寡核苷酸分析

1.PCR Primer Design

DNAMAN为PCR引物选择提供了许多控制标准。您可以通过设置目标DNA的区域，PCR产物的大小，引物特征，反应条件和引物配置来优化引物过滤。

2.其他功能

可以分析寡聚引物的解链温度，互补性，引导错误，沉默突变和定向错配。

10、蛋白质分析

DNAMAN提供了许多蛋白质序列分析工具，包括DNA DNA中所有六个阅读框架的翻译，遗传密码表的变异，阅读框架概述，密码子使用分析，氨基酸组成，Hydrophathy分析，Charge和pI分析，二级结构预测和反向翻译。

11、数据库管理

DNAMAN使用标准关系数据库引擎Sqlite3来管理DNA /蛋白质序列和寡核苷酸序列。

12、LBDraw(仅限Windows)

13、在Internet上(仅限Windows)

适用于Windows的内置DNAMAN Internet / Intranet浏览器

DNAMAN提供了一个集成的Web浏览器来访问Internet或您的Intranet。您可以从brwoser加载序列以进行直接分析，您也可以使用Internet上的服务器。